在宅ワークの副業をしたいと思っています。

初めまして。ファイナンシャルプランナーの原です。
ご質問に回答させていただきます。

副業の場合、収入に関しては、「雑所得」という所得を得ることになります。
雑所得に関しては、所得が20万円以下の場合、納税する義務はありませんので確定申告は必要ありません。
収入から経費を差し引いた額が「所得」になるのですが、所得が20万円を超える場合、確定申告が必要になります。

「源泉徴収を差し引く」にチェックをした場合、20万円以下の雑所得の場合でも前もって所得税が引かれます。
その場合は、還付請求として確定申告を行い、払い過ぎた税金を還付受けることになるため、確定申告をすることになります。

「源泉徴収を差し引く」にチェックしない場合、雑所得が20万円以下であれば、還付請求も必要なく、納税のための確定申告を必要がないため、所得が20万円以下になる予定であれば、チェックしないことをお勧めします。

副業が会社に知られるケースとして最も多いパターンが住民税になります。

収入が増えると住民税が増え、会社の経理の方に疑われる可能性があります。住民税の増加を防ぐためには、住民税の納付を源泉徴収として前もって会社から差し引かれる内容から、普通徴収に変更することをお勧めします。

その場合、住民税は市役所などから送られてくる納付書にて、ご自身で納付することになるので、収入増加などを疑われる心配は無くなります。

以上になります。ご参考にしていただけますと幸いです。